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早期理论：早期人类对珍珠成形的原因有不同的理解。有人说当一滴掉进海里的露水，刚好被张开口的贝壳接住，便形成一颗闪亮的珍珠。当天气好时，生成的珠子会益发漂亮；如天气坏，生成的珠子会较暗色--好一个有趣而罗曼蒂克的理论！后来科学开始发达，便演绎成较真实的理论。1671年，科学家认为珍珠的形成是由沙子走进贝壳类体内而变成珍珠。19世纪中，研究学家将珍珠切成两边作观察实验，发现寄生虫及卵。1904年，法国科学家Boutane发现当一只寄生虫进入贝壳内，外套膜的一部分会分离而变成一颗珍珠。

形成过程：明白软体动物的构造后，便不难了解珍珠如何形成。软体动物的外套膜分两边或两页，将内脏包着。外套膜有能力分泌一种角质物体，叫贝壳底质（Conchiolin）和碳化钙（Calcium Carbonate）。这两种物质化为晶体而组成外壳。外壳分为三层，每层的形成都在同一时间进行。这三层分别：

外骨膜：是贝壳最表面的一层角质叫贝壳底质，由外套膜边缘部分生产。

碳化钙层：这层较厚，也由外套膜边缘分泌组成，有方解石及文石在内。

珍珠质：是由无数珠母层构成，由外套膜的其他部分分泌而成，含有碳化钙。

当一些刺激物如沙粒、寄生虫、珍珠核走进软体动物体内，皮膜层细胞便包围该刺激物，并开始围着它分泌贝壳底质，然后分泌珍珠质，很微小的珍珠质一层层地重叠，正如屋檐的瓦片一样，这个构造令它产生变幻色彩及绕射作用（Diffraction），形成我们常见到的珍珠光泽、伴色和天虹色彩，英文又叫Orient.

珍珠层的生长速度因气候及水质而变化，也与产珠的软体动物有关。研究发现珍珠质只可以在摄氏15度以上才可生长，日本蚝每天平均可分泌3至4层，所以要约1年才可生出1000层。养珠的珍珠层最少应有0.35毫米，普遍应有0.4至0.5毫米；核子珠的体积是养珠的直径减1毫米的珍珠层（每边厚0.5毫米的珍珠层），所以一颗6毫米的珍珠层应有一颗5毫米的核子珠。珍珠质约有1000层。

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