污泥未经处理直接造肥其臭味是一个突出的问题。产生臭味的原因是因为城市污水处理厂的污泥含有部分带有臭味的物质，如硫化物、氨、腐胺类等，所以当将之加工成肥料变成商品来储存和施用时，仍会向四周散发臭味，继续污染环境。这样就大大降低了污泥肥料的商品价值，并将直接影响到肥料在市场的生存和发展，因此必须予以解决。

目前，对于这种臭味的去除方法主要有：化学方法、物理除臭法、生物除臭法。生物除臭是通过微生物的生理代谢将具有臭味的物质分解转化，达到除臭的作用。前两种方法的优点是较为简捷，其缺点是除臭效果不太好，且不是增加了污泥的碱度就是增加了污泥的体积。 生物除臭法的优点是：除臭效果好；经过微生物除臭还可进一步降解污泥中各种大分子元素，增加其利于植物吸收的营养成份；通过污泥除臭依靠微生物发酵产生的生物热，可使污泥进一步干燥，降低污泥烘干成本；这些具有除臭功能的微生物多是土壤中的有益微生物菌群，它有改良土壤的团粒结构、改善土壤生态环境，抵抗有害微生物的功能。

缺点是：除臭所需时间较长，占地面积大。 考虑到国内许多中小型污水处理厂没有消化工序，产生的是生污泥，利用生物除臭的方法可以起到污泥消化工序的作用，所以采用生物除臭法较好。试验表明，利用有益微生物可清除污水处理厂中污泥的臭味，增加了其利于植物吸收的营养成分（如：速效有机碳的含量）。 同时通过污泥除臭过程中微生物发酵产生的生物热，可使污泥得到进一步干燥，降低污泥干化成本，增加污泥肥料的市场竞争力。