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培养基按其营养成分、形状或用途可分多种类型。通常按物理性状、营养物质两方面分类。
（1） 根据物理性状分类根据培养基制成后的物理状态，将其分为液体培养基、半固体培养基和固体培养基。 ① 液体培养基根据各种药用真菌所需的营养成分，按一定配比混合而成的营养液。适用于药用真菌菌种生产和菌丝体生产。在实验室，液体培养基常用于药用真菌生长测定。 ② 半固体培养基液体培养基中加少量琼脂（0.2%~0.5%） 或一定量的玉米粉、麸皮等，使之成为半固体状态，称为半固体培养基。适用于菌种的分离、培养和保藏母种。 ③ 固体培养基在液体培养基中，加入适量的凝固剂即可制成固体培养基。常用的凝固剂有琼脂、明胶、硅胶等。一般多用琼脂，琼脂的添加量根据季节不同而有所不同，冬天为1.5%~ 2.0% （质量分数），夏天2.0%~2.5%，超过2.5%，培养基易分裂，影响菌丝生长。适用于菌种的分离、培养和保藏原种用。另外，在药用真菌生产中，用各种富含纤维素和木质素的木屑、棉籽壳、甘蔗渣、稻草、麦秆等作为原料，加人一定量的辅助营养物质和水，便可制成木屑或棉籽壳等培养基，这些培养基也称为固体培养基。
（2） 根据营养物质分类依据营养物质的来源，可以把培养基分为天然培养基、半合成培养基和合成培养基。 ① 天然培养基是指用天然有机物配制而成的培养基。如小麦、大豆、玉米、麸皮、米糠、马铃薯、各种秸杆、木屑、棉籽壳、甘蔗渣等农林副产品及其下脚料，以及动植物组织的浸出液，如牛肉膏、肉汤、马铃薯汁、麦芽汁、豆芽汁等都可以用来配制天然培养基。这种培养基含有丰富的营养物质，来源广泛、成本低，适合于菌种分离、培养、保藏及药用真菌大规模生产用。这些天然有机物化学成分比较复杂，几乎无法完全了解，即使是同一种物 质，因产地、采收季节、提取方法和品种的不同，其营养组成和含量也不尽相同，不宜作为药用真菌生理研究的培养基。 常用的天然培养基，如马铃薯琼脂培养基、木屑麸皮（或米糠）培养基和堆肥培养基等。 ② 半合成培养基是用成分未知的天然物质和成分已知的物质配成。如PDA培养基中的马铃薯是未知成分的天然物质，而葡萄糖是已知化学成分的物质。马铃薯的成分因品种、成熟度和施肥栽培条件不同，每次用其配成的培养基不可能是相同的。因此，在天然培养基中添加适量的无机盐，或在合成培养基中添加某些天然有机物配制而成的培养基，都称为半合成培养基。是菌种生产和药用菌栽培中常用的培养基。 ③ 合成培养基是指采用化学成分和浓度已知的有机化合物，包括碳水化合物、含氮化合物、有机酸类、无机盐及生长素配制而成的培养基。这类培养基组成和含量明确，一般用于药用真菌的有关营养、代谢等生理生化研究，以及菌种的纯培养和菌种保藏。
（3） 根据培养基特殊用途分类依据培养基的特殊作用，可以将培养基分为基础培养基、加富培养基、鉴别培养基、选择性培养基等。 基础培养基是指含有某一类真菌所需基本营养成分的培养基；鉴别培养基是指在培养基中加人某种试剂或化学药品，使不同真菌产生不同的反应，借以将真菌区别开来；加富培养基是指添加某些动植物组织提取液等髙营养成分的培养基；选择性培养基是根据某一种或某一类真菌的特殊营养要求，或对一些物理、化学因素的抗性而设计的对培养对象具有选择作用的培养基。
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