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藏象学说的形成，经历了漫长的历史进程，是历代医家在长期的临床实践基础上，逐渐形成发展起来的。在我国现存早的古典医著《黄帝内经》中，藏象学说即形成了比较完整、系统的理论。其理论和认识来源，主要包括以下几方面。
1. 早期的解剖实践
早在远古时期，人们通过宰杀猎物及解剖战后的尸体，即对动物及人体内部器官进行了早期的观察。随着医药活动的开展，人们迫切需要了解人体内部器官的部位与形态，因此，人们对人体器官的观察成为比较自觉的行动，并力求和医疗实践结合起来。
《内经》时代，解剖人体已是医学研究的重要内容。如《灵枢·经水》说：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之；其死，可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少，十二经之多血少气，与其少血多气，与其皆多血气，皆有大数。”在《灵枢·肠胃》中，还详细地描述了胃肠的形状、容量、位置、长短等。如其中记载的食道与肠的长度的比，与现代解剖学相差无几。《难经》中对很多脏腑的部位形态，都有比较详细的记载。宋代的《欧希范五脏图》及杨介的《存真图》等，则是解剖学方面的专著。明代医家张景岳在《类经图翼》中，对人体内脏也进行了形象的描述。而清代医家王清任，亲自解剖尸体，潜心研究数十年，著《医林改错》一书，纠正了古人的某些错误。可以看出，正是这些古代的解剖学知识，奠定了藏象学说的形态学基础。
2. 长期对人体生理、病理现象的观察总结
应当指出，中医学藏象理论的形成，主要来源于对人体脏腑生理活动和病理变化的观察与总结。考试大网站收集古人在长期的生活和医疗实践中，细致地观察了人体的各种生理、病理现象，并联系当时的解剖知识，即对人体的脏腑器官及其功能活动有了进一步的认识，并对其相互关系有了较深刻的理解。
例如，通过解剖观察，发现心位于胸中并与脉管相连。又观察到，血液是在经脉内不停流动着，并且与心脏搏动有着内在联系。如果心跳停止，则血液也就不再流动，神志亦就很快丧失，从而形成了“心主血脉”、“心主神志”的理论。
再如感冒，由于皮肤汗孔开合失常而见无汗，并见鼻塞，咽喉疼痛，咳嗽等症，并可影响及呼吸之通畅，从而发现皮毛、鼻、喉、肺之间有着密切的关系。经过长期的观察与验证，因而形成了“肺主呼吸”、“肺合皮毛”、“肺开窍于鼻”、“喉为肺之门户”等理论概念。
3. 反复医疗实践的验证
古人在长期与疾病作斗争的过程中，观察到某些病理现象与相应的脏腑之间存在着一定的关系，而调整某些脏腑的功能，又往往可使病理反应消失，因而分析这些病理现象与治疗效应的对应关系，即可以反证机体某些脏腑的生理功能。如进食某些动物的肝脏或从治肝入手，可治疗某些眼疾，从而得知肝与目之间存在着内在联系，形成了“肝主目”的理论概念。又如，发现某些补肾药可以加速骨折的愈合，因而认识到肾的精气有促进骨骼生长的作用，又得出“肾主骨”之理论。
应指出，藏象学说的形成，还受到古代哲学理论的深刻影响。特别是阴阳五行学说，与藏象理论的形成的关系更为密切。如以五脏为中心的藏象理论即以五行学说理论为指导，而脏腑内部的对立统一运动，则多以阴阳学说为理论根据。
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