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辩证思维方法与现代科学研究有着密切的关系，科学研究不能脱离辩证思维方法，因为辩证思维方法是人们正确进行理性思维的科学方法，它反映了思维的一般规律。
（1）辩证思维方法是进行科学研究的一般方法，在科学研究中是普遍适用的。例如，逻辑与历史相一致的方法，对自然科学同样是重要的方法。在自然科学中，达尔文之所以能对品种繁多的生物物种作出科学的说明，就在于他运用了历史的方法并作出逻辑上的说明。现代生物学表明，要真正揭示生命的奥秘，必须追溯生命历史，研究最初的生命起源。对生命的研究如此，对非生命的研究也是如此。实际上，要对任何事物作出科学的研究和说明，必须运用逻辑与历史相一致的方法。
（2）辩证思维方法是现代科学方法的方法论前提，辩证思维的基本精神和原则贯穿于现代科学思维之中。这是因为现代科学思维必须以“概念”作为自己的思维细胞，而它所运用的一系列新概念如信息、控制、系统、结构、功能、反馈等等的产生也要符合概念本身的辩证运动。因此，哲学实际上通过本体论、认识论、方法论等各个方面渗透和参与到科学思维中。例如，系统方法与普遍联系的观点、控制论方法与内因外因的观点、突变论与量变质变的观点、信息论与相互作用的观点都有着内在的联系。很显然，现代科学思维方法与辩证思维方法是一致的。
（3）现代科学思维方法又丰富和深化了马克思主义哲学的辩证思维方法。例如信息方法和系统方法，使我们对辩证法的整体观、普遍联系的认识更深入、更具体，从而使辩证思维方法得到发展。 恩格斯说：“一个民族想要站在科学的最高峰，就一刻也不能没有理论思维。”现代科学研究高度分化和高度综合相统一的时代特征，使辩证思维与科学研究的相互依赖性更加密切。一方面，辩证思维方法是现代科学思维方法的方法论前提。首先，辩证思维的基本精神渗透在现代科学研究方法之中，广泛作用于现代科学研究，以致离开辩证思维方法，科学研究就寸步难行；其次，辩证思维方法不仅是实现经验知识向科学理论转化的必要工具，而且已成为沟通跨学科研究的必要桥梁；第三，辩证思维方法为科学创新提供了理论支撑和动力，推动科研工作者以动态和发展的眼光去解决科学认识活动中的新问题，不断开拓创新。另一方面，现代科学研究方法及其成果丰富和深化了辩证思维方法，从各个方面充实了辩证思维中的世界图景；现代科学思维以其特有的方式证实和丰富了马克思主义哲学辩证思维的观点，并进一步促使辩证思维方法具体化、精确化。当代科学技术的突飞猛进，使哲学思维和科学思维的相互结合日益重要。我们要在马克思主义哲学的指导下，把辩证思维方法与现代科学思维方法有机地统一起来，更加自觉地运用辩证思维方法指导科学研究。
（1） 辩证思维方法是现代科学思维方法的方法论前提：第一，辩证思维的基本精神广泛渗透、作用于现代科学研究方法之中；第二，辩证思维方法是实现知识由经验形态向理论形态转化的必要工具，也是沟通跨学科研究的必要桥梁；第三，辩证思维方法为科学创新提供理论支撑和精神动力。
（2） 现代科学思维方法论证、丰富和充实了辩证思维方法的基本思想：第一，现代科学研究方法及其成果丰富和深化了辩证思维方法，从各个方面充实了辩证思维的世界图景；第二，现代科学思维以其特有的方式证实和丰富了马克思主义哲学辩证思维的观点，并促使辩证思维方法具体化、精确化。
（3） 哲学方法与思想方法、工作方法也有密切联系。把哲学观点运用到思考和工作中，就转化为思想方法和工作方法。思想方法和工作方法是哲学方法的具体化，并使哲学方法得到切实有效的运用。唯物论观点是实事求是思想方法的基础，矛盾观点是“两分法”的根源，群众史观是群众路线方法的根据等。 作为哲学方法的辩证思维方法与思维方法、工作方法也有密切的联系。把哲学的观点运用到思考和工作中，就转化为思想方法和工作方法。唯物论的观点是实事求是思想方法的基础，矛盾论的观点是“两点论”和“重点论”相结合的思想方法的根源，唯物史观是历史唯物主义方法的根据，等等。思想方法和工作方法是哲学思维方法的具体化，并使辩证思维方法得到切实有效的运用。
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