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1980年的4月， James P. Anderson为美国空军做了一份题为“计算机安全威胁监控与监视”（ Computer Security Threat Monitoring and Sur- veillance ） 的技术报告，这份报告被公认为是入侵检测的开山之作。

1986年，为检测用户对数据库异常访问，W. T.Tener在IBM主机上用COBOL开发的Discovery系统，成为最早的基于主机的IDS雏形之一。 1987年，乔治敦大学的Dorothy E. Denning提出了一个实时的入侵检测系统抽象模型——IDES(Intrusion Detection Expert System，入侵检测专家系统)

1990年是入侵检测系统发展史上的一个分水岭。

1994年，Mark Crosbie和Gene Spafford建议使用自治代理（autonomous agents）以便提高IDS的可伸缩性、可维护性、效率和容错性，该理念非常符合正在进行的计算机科学其他领域（如软件代理，software agent）的研究。1995年开发了IDES完善后的版本——NIDES(Next-Generation Intrusion Detection System)可以检测多个主机上的入侵。 另一条致力于解决当代绝大多数入侵检测系统伸缩性不足的途径于1996年提出，这就是GrIDS(Graph-based Intrusion Detection System)的设计和实现，该系统使得对大规模自动或协同攻击的检测更为便利，这些攻击有时甚至可能跨过多个管理领域。 近些年来，入侵检测的主要创新包括：Forrest等将免疫原理运用到分布式入侵检测领域。1998年Ross Anderson和 Abida Khattak将信息检索技术引进到入侵检测。

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