[结构游戏的特点是什么]建构游戏是指幼儿操作各种结构材料（积木、积塑、辅助材料等）进行物体造型的游戏。在建构游戏中，幼儿既可以表现现实生活中的各种物体形态，又可以把自己思维中想象的物体具体化，...+阅读
RNA二级结构是发卡型的单链结构，单链回折形成局部小双螺旋 。也称茎环结构或球环结构。RNA二级结构可以分为螺旋（紧接的碱基对）及不同种类的环（被螺旋围绕的不成对核苷酸）。茎环结构是一个碱基对螺旋结构，末端为短少的不成对环。这种茎环结构非常普遍，并且是建构大型结构基元，如三叶草结构（即如在转运RNA中的四个螺旋结点）的基本单位。内环结构（在长碱基对螺旋中的短而不成对碱基）及膨出（在螺旋股中额外插入，但却在相对股中没有配对的碱基）亦很经常会出现。最后，伪结及base triples亦会出现在RNA。由于RNA二级结构差不多全都是由碱基对作为中介，它可以说是确定在一个分子或复合物中哪些碱基成对。但是，传统的华生-克里克碱基对并非唯一在RNA的配对方法，霍氏配对方法亦很普遍。
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如何使用Mfold软件？预测RNA的二级结构
预测RNA二级结构如下进行：1. 选择file|RNA fold single strand启动模块，单击sequence按键，打开对话框以载入序列，此序列必需以.SEQ为扩展文件名，其它序列文件可在序列编辑器中转为此格式。注意必需为大写字母。2. 输入文件名后，缺省值将填充在剩下的区域，这些值可改变。选取 Generate Save File选项，在执行算法后生成存盘文件，此存盘文件用于重新折叠与生成点阵图。3. 在此碱基可被强制为单链或双链或螺旋。4. 单击开始键，开始预测运算。5. 需要的话，选择Draw structure，在绘图模块中看预测的二级结构结果。输出的二级结构以最小自由能顺序排列。但由于方法的限制与热力学参数的简化，第一个结构并不一定为实际的RNA结构，要折叠一个已存贮为.seq文件的序列，可选择菜单选项file|fold RNA single strand，直接进入折叠窗口。
或单击工具条中的fold RNA single strand键。折叠RNA单链次优结构输出的数量由用户输入的两个参数决定。Max % Energy Difference：设定输出结构的自由能允许与最小自由能相差的百分数。例如如果结构的最小自由能为-100 kcal/mol，最大能量百分误差为10，将输出所有能量为等于或大于-90 kcal/mol的结构。Max number of structures： 设定生成的结构数量。最大为1000.程序输出预测结构直到以上任何一个参数达到要求。Window size：此参数控制次优结构互相之间有多少不同。小的Windows size只允许生成非常接近的结构，大的Windows size则需要更大的不同。Advanced Options：除非特殊情况，不推荐使用。RNA折叠单链模块强制一个碱基为单链在二级结构预测时，用户可选择不配对的碱基。方法如下：1. 在序列文件中，不配对碱基使用小写字母表示。
2. 选择要折叠的序列后，选择Force/Single菜单，进入文本编辑框，输入不配对碱基从5'端的位置序号。单击OK。查看目前的选择碱基，选择Force|Current.重新设定选择碱基，选择Force|Reset.菜单命令。强制一个碱基为双链用户能选择必须配对的碱基，由Force|Double菜单命令完成，操作类似上述。RNA折叠单链模块强制一个碱基对选择菜单命令Force|Pair.完成。折叠模块使用限制尽管作者努力，预测的最低自由能结构可能并不是自然界存在的形式，特别当序列长度为几百时，但至少其可能的结构已限制在一定数量内。最近的研究证明最低自由能结构，含有大约70%正确的碱基对，但前1000个最佳次优结构中的一个结构会含有大于95%的正确的碱基对。因此建议进行实验以限制预测的结构。例如，化学修饰数据可帮助识别存在与自然界中的结构。
Mix&Match模块的功能便是帮助你使用此类数据识别最可能自然结构。RNAstructure现在也提供其它几种折叠的预测，如单链DNA折叠，RNA或DNA寡聚体的分子间折叠。并提供重新折叠选项refold重新生成已折叠序列的次优结构。单链DNA折叠使用John SantaLucia, Jr.及其同事提供的热力学参数，也可折叠DNA序列。RNA或DNA分子间折叠可使用RNA或DNA参数确定寡聚体的分子间二级结构，这需要选定两个序列。分子间折叠使用初始参数以正确决定自由能。但也有一些限制。程序算法不能预测pseudoknots，对于分子间折叠意味着pseudoknots结构如kissing hairpins结构不能被正确预测，因此，使用的分子间折叠的序列应很短。Refold重新折叠选项可读取一个由任何折叠模块生成的存盘文件*.sav，并生成一个不同的次优结构。
因为程序算法分为两部门，因此这功能非常有帮助。第一步是非常慢的一步，重新折叠便读取第一步的数据快速生成其它结构。EFN2 能量函数2此模块计算结构的自由能1. 单击.CT File按键，打开对话框输入.CT文件的名字，这是一个含有二级结构信息的文件格式，以CT为扩展名。2. 对于输出文件.OUT，给出了缺省名称，可单击Out file 按键更改3. 单击Start 按键4. 输出两个文本文件扩展名分别为.CT与.OUT。5. 使用文本文件编辑器打开文件，6. 结构以自由能大小排列，绘图模块1 选择菜单命令File|Draw.2. 选择一个已存在的.CT文件绘图如果.CT文件含有超过一个结构，可以选择观看哪个结构。在菜单中选择View|Structure number，选择想要观看的结构。或按住Control键按动上箭头或下箭头也可更改现有显示结构。
放大缩小选择View|Zoom或按住Control键按动左箭头或右箭头。打印选择File|Print.拷贝到剪贴板选择Copy菜单place a black and white bitmap on the clipboard将其拷贝到剪贴板，并可复制到其它应用程序。可在view|counterclockwise菜单选项选择是顺时针还是逆时针绘图。
tRNA二级结构特点有哪几点
tRNA的结构特点tRNA约含70~100个核苷酸残基，是分子量最小的RNA，占RNA总量的16%，现已发现有100多种。tRNA的主要生物学功能是转运活化了的氨基酸，参与蛋白质的生物合成。各种tRNA的一级结构互不相同，但它们的二级结构都呈三叶草形。这种三叶草形结构的主要特征是，含有四个螺旋区、三个环和一个附加叉。四个螺旋区构成四个臂，其中含有3′末端的螺旋区称为氨基酸臂，因为此臂的3′-末端都是C-C-A-OH序列，可与氨基酸连接。三个环分别用Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ表示。环Ⅰ含有5,6二氢尿嘧啶，称为二氢尿嘧啶环（DHU环）。环Ⅱ顶端含有由三个碱基组成的反密码子，称为反密码环；反密码子可识别mRNA分子上的密码子，在蛋白质生物合成中起重要的翻译作用。环Ⅲ含有胸苷（T）、假尿苷（ψ）、胞苷（C），称为TψC环；此环可能与结合核糖体有关。
tRNA在二级结构的基础上进一步折叠成为倒“L”字母形的三级结构（图3-2-6）。tRNA分子中稀有碱基的数量是所有核酸分子中比例最高的，这些稀有碱基的来源是转录之后经过加工修饰形成的。...
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