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科技创新战略行动计划是中科院知识创新工程试点工作的延续和深化；是知识创新工程试点的核心目标；是攀登世界科学高峰，为我国经济发展、国防建设、社会进步做出基础性、战略性和前瞻性创新贡献的关键举措；是进一步推动中国科学院结构调整、机制改革、队伍建设和文化创新，将中国科学院真正建设成为具有国际先进水平的科学研究基地、培养和造就高级科技人才的基地、促进我国高技术产业发展的基地，提高我国科技创新能力的必要途径。
科技创新战略行动计划的指导思想是：（1）面向国家战略需求，面向世界科学前沿，加强原始性科学创新，加强战略性技术创新；（2）在充分调查研究的基础上，坚持顶层设计、自上而下，上下结合，以明确的战略目标为导向，加强宏观组织和系统集成，充分发挥全院综合优势；（3）科技创新与体制创新相结合，以科技创新带动体制创新，以体制创新保证科技创新；（4）坚持开放、联合，广泛吸收社会创新要素，有效整合院内外力量和资源。
科技创新战略行动计划的总体目标是：（1）基本形成能够支撑我国实现第三步发展目标、至少在未来20年内保持相对稳定的科技布局，实现由以学科分类为主向国家战略需求与科技发展前沿结合的根本转变；（2）面向我国经济发展和国防建设战略需求，遵循高技术研究发展和产业化规律，组织队伍进行关键技术创新和集成创新，进行管理体制和运行机制创新，解决国家战略高技术问题和实现规模产业化；（3）瞄准世界科学发展前沿，结合我国中长期发展战略需求，部署若干基础研究（特别是交叉科学）的领域前沿和前瞻性方向，组织国内外优秀人才形成攻坚团队，建立相应的支持、运行和评价机制，力争做出世界一流的科学创新成果；（4）围绕我国社会可持续发展相关的重大战略问题，加强与政府部门、大学和其他社会力量的联合，组织高水平、系统化的基础性研究和应用发展研究与综合示范，并为国家宏观决策提供可靠的科学依据；（5）紧密结合计划的实施，通过开放联合和共建等多种形式，广泛吸纳社会资源，建设和完善重大公共性科技创新基础设施和支撑体系；（6）加强科学传播和技术创新成果规模产业化，使我院科技创新活动融入我国经济、社会发展的大循环，在社会价值链中充分实现创新成果的应有价值；（7）培养若干具有战略眼光、善于组织领导大规模科技创新活动的领衔科技帅才，一批具有较强创新能力、富有团队精神的科技创新人才，成为新一代科技队伍的核心；（8）建设与我院科技创新能力相适应的指挥系统。加强院层面的战略分析能力、系统集成能力和组织管理能力。
科技创新战略行动计划包括总体计划与基础研究、生命科学与生物技术、资源环境科学与技术、高技术研究与发展等4个分计划。在院层面上，战略行动计划按重大项目、重要方向项目、科技基础设施与支撑体系建设、新建研究单元等4个专项计划以及科学传播与技术创新规模产业化等若干个专项行动进行组织实施。各研究所根据本计划的总体目标，积极部署领域前沿和新的学科生长点。
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