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流行性乙型脑炎在临床上的主要体现可以分为四个阶段。首先是初期。这个阶段的病是在患病初期的1至3天之内。和病毒血症期差不多，病的发起很急。主要表现为发热，神志也会变得不再清晰。体温在1-2天内会高达39- 40℃，同时还会伴有头痛、恶心、呕吐，多有精神倦怠或嗜睡，等症状，部分呈现颈项强直、惊厥、甚至昏迷，检查可见病理反射阳性，婴儿有前肉饱满。

其二个阶段是极期。这个阶段是病程第4至10天，病情突然加重，主要表现有：高热 ，体温高达40℃以上，且体温越高，热程越长，病情越重；其次患者在意识上会有些障碍，迅速转入半昏迷或昏迷。而且是昏迷越深，持续时间越长，病情越重，预后也就会越差。

除此之外还会有抽搐或惊厥、呼吸衰竭或者是其他一些如血压升高、脉搏减慢的症状。

第三个阶段是恢复期，一般是在发病后10天左右，病情一般不再加重从而进入恢复期。大多数患者会在2周内完全恢复，少数重症若是积极治疗在半年之内应该可以恢复。

第四个阶段是后遗症期。患者在病后6个月后甚至时1年仍会有神经系统症状、体征或精神异常，应该及时到医院进行检查，这些症状很有可能是疾病留下的后遗症。后遗症的发生率大概是30%，主要有智力障碍、多动、癫痫发作等症状。

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