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一般甲壳亚门动物与气管类动物（昆虫和蜈蚣）被看作是姊妹群。一些学者认为昆虫和蜈蚣是甲壳亚门内的动物。这个意见的由来在于对这些动物的胚胎发展的讨论。通过分子遗传学的研究和对精子结构的研究今天普遍认同过去属于独立的门的五口纲动物也属于甲壳亚门。

甲壳亚门内部的分类和亲属关系还不很清楚而且争论很大。最近数年中新的发现和研究使这个领域动荡非常大。比如过去的枝角目现在被分为多个目，等等。

目前大多数专家将甲壳亚门分为五个纲，但对鳃足纲和甲壳纲的争议还很大。许多学者认为甲壳纲实际上是收集了所有无法分到其他四个纲中的动物，实际上不是一个真正的纲。

关于其他分类方式也请参见英语维基中相应文章的叙述。

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甲壳类的动物描写

甲壳类动物从水蚤、藤壶、沙蚤，到小虾、螃蟹、龙虾，形体各异。个体大小范围从小到在显微镜下可见的浮游生物，大到体长为75cm的龙虾。它们的绝大多数是水生的，其硬化的甲壳是它们的典型特征。它们发生在整个世界的淡水和海洋栖境中。有的甲壳动物已适应在陆地上生存，如潮虫，是专有的陆生性常见种类，分布广泛。多数甲壳类动物是腐食者，但也有捕食和植食性的种类，有的如藤壶，利用特化的滤网样的足，从水中过滤食物的碎屑。 甲壳类动物的甲壳与其它节肢动物的外骨骼相似，但由于碳酸钙的沉积而变得更为坚硬。头部和胸部通常为单个背甲所覆盖。甲壳类动物有二对触角，并且它们的附肢特化具有多种功能，从收集感觉信息到运动，呼吸，孵卵。它们的附肢是分双叉的，基部伸出的内叉，用于行走，外叉用于游泳。

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