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主要有一下八大原则：
1、科学性原则 是指在设计实验时必须有充分的科学根据。实验的原理要科学，实验材料的选择要科学，实验的方法步骤要科学，实验的结果、结论要科学。
2、对照性原则 是实验设计的最基本的原则。对照有多种形式：有空白对照（对照组不加任何处理因素。如研究甲状腺激素对蝌蚪个体发育的影响时，实验组的饲料添加甲状腺素，对照组的饲料不添加任何制剂）、条件对照（如探究唾液淀粉酶的活性需要有适宜的PH值，设立过酸、过碱、接近中性实验条件，进行相互对比）、自身对照（对照与实验在同一受试生物上进行。如观察一条雄性鲫鱼对注射雄性激素前、后的活动变化情况）、相互对照（不独立设立对照组，而是几个实验组之间相互对照。如比较过氧化氢酶和氯化铁对催化过氧化氢水解反应的催化活性。）、标准对照（不设立对照组，实验结果与标准值或正常值对比。如测试人体摄入500克葡萄糖80分钟后血糖浓度是否正常）。设计实验时可根据实验研究的目的和内容加以合理选择。
3、单一变量原则 是在一组实验中实验组和对照组之间只能有一个反应变量，也就是说只有一个不相同，其他的都要一样。变量唯一能使复杂的问题简单化，变量唯一才能正确地找出实验组和对照组的差别，从而证明实验变量的作用。如在验证唾液淀粉酶具有专一性的时候，对照组和实验组的温度、PH值、所采用的试管大小、试剂多少、反应条件、溶液量等均要一致，只有一个变量，即实验组为淀粉溶液，对照组为蔗糖溶液
4、等量性原则 是指实验组和对照组除一个实验变量不同外，其他无关变量要全部相同，以消除无关变量对实验结果的影响。如探究PH值对酶活性的影响时，实验变量是PH值，除PH值不同外，其他无关变量（如温度、试管大小、添加的溶液量、试剂多少、实验时间等）在实验组和对照组中要完全相同、等量。
5、可操作性原则 是指设计生物学实验时要尽量做到实验材料容易获得，实验装置比较简单，实验药品比较便宜，实验步骤比较少，实验时间比较短，实验效果比较明显，而且在常态下可操作，具有可行性。即原理正确、实验成本低、步骤简洁、现象明显、结果准确、具可行性。
6、重复性原则 是保证实验结果可靠性的重要措施。也就是要增加试验的次数，才能判断结果的可靠性。
7、随机性原则 是指实验样本的抽取是在实验对象的总体中随机抽取的，它们的机会是均等的。而不要给试验增加特殊性。
8、严整性原则 要使实验设计完整、无漏洞，必须要注意实验设计中的严整性。 在上面的几个原则中，经常爱考是‘对照原则’和‘单一变量原则’。
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