答案：

(1)审计差异可分为核算误差和重分类误差。或（调整分录和重分类分录）。根据重要性水平来判断啊。如果管理层作弊的话，那么无论重要性水平多高，都要重新进行风险评估，并考虑向审计委员会或治理层报告

(2)将应付账款中的借方余额部分通过会计报表重分类调整至预付账款项目：

借：预付账款——B公司 1600万元

贷：应付账款——B公司 1600万元

库存原材料短缺属于2004年度发生的事项，应建议X公司区分不同原因调整2004年度相应的会计报表项目，作以下调整分录：

借：营业外支出——非常损失 400万元

管理费用——物料消耗 100万元

贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 500万元

A和B注册会计师应提请X公司作如下调整分录：

借：营业外支出——赔款损失 1200万元

贷：其他应付款——贷款银行 1200万元