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1.建制科学：科学与宗教毕竟是两个判若鸿沟的思想体系和社会建制，就让它们各司其职、和平共处、井水不犯河水好了，没有必要非得把它们扯到一块，更不必把它们强扭起来“喜结连理”。 2.思辨科学：在近代科学的诞生中，古希腊的理性思辨传统和工匠经验传统的意义；他也没有提及或强调，当时具体的自然哲学成果以及欧几里得、阿基米德的作用。
新的科学历史”中的两章。在这一编，作者不满意“宗教与科学之间的战争”的传统观点和流行口号，他通过历史考察和具体分析，表明基督教和《圣经》为科学的诞生和成长提供了宝贵的思想资源。这些思想资源包括：大自然是真实的；大自然是有价值的，所以值得去研究；大自然是被创造之物，因而是非神化的，所以人们才敢于去研究；造物主是理性的，他创造的是一个统一、连贯、有规律的宇宙，这样才是可以理解的；宇宙最重要的结构是神所安排的精确设计，故可以用数学把握；宗教的意志论派别反对神被必然性规范而去创造的，因此人们不能单靠演绎思考寻求知识，要到大自然中去观察和实验；对神写在大自然的书与对神的话语《圣经》的研究是相互配合的，这两本书给人一种宗教上的研究义务，其目的是荣神益人。
用当今科学哲学的术语来讲，这一切思想资源都是科学的预设——有意识的、更多地则是无意识的预设。没有这些预设，科学研究是无法进行的，科学当然也就不可能了。至于该书其余的三编（第一次科学革命、数学的振兴和衰退、第二次科学革命）八章，虽然也穿插有科学与宗教关系的材料和论述，但是思想性并不突出，对研究者帮助不大，不过作为科学普及读物来看还是有意义的。
南希·皮尔西的看法很有启发性，但是他并不享有思想发明的“优先权”。据我所知（参见我在台北三民书局出版的《迪昂》一书），早在20世纪初，法国哲人科学家迪昂就通过精湛的历史研究表明，中世纪并非黑暗的世纪，基督教为科学的诞生提供了合适的土壤，一些教士对科学的进展作出了直接贡献，他们是达芬奇和伽利略等人的先驱。
自此以后，类似的见解不乏其人。例如，霍伊卡在《宗教与近代科学的兴起》中明示：“倘若我们将科学喻为人体，其肉体成分是希腊的遗产，而促进其生长的维他命与荷尔蒙，则是圣经的因素。”I. G. 巴伯的《科学与宗教》对此论述得更为详尽和缜密：他不仅考察了宗教与科学史，更重要的是分析了宗教与科学方法、宗教与科学理论。可以毫不夸张地说，这两本著作不愧是科学与宗教研究的力作。
对于长期接受教条教育的人来说，对此可能不大想得通：宗教是主观信仰的东西，科学是追求客观知识的，前者怎么会对后者的诞生和成长起某种促进作用呢？仔细琢磨一下，其实也不难理解。首先，科学也需要某些预设或信念（belief），也可以说是信仰（faith），比如自然的客观存在性和可理解性——宗教的思想资源正是在这里发酵的。
其次，科学是人的一种心智追求，宗教能够在意义、价值、动机、动力方面提供某些精神支持，就像清教主义的志向和伦理道德在17世纪推动了英格兰的科学那样。再次，中世纪是宗教和神学的一统天下，近代科学的大厦又不可能在文化沙漠上建立，它只能从它所处的社会与境即宗教和神学中借鉴和汲取思想资源。要知道，神学、哲学和科学在中世纪本来就是混为一体的。
最后，中世纪的教育和智力资源控制在教士手中，教士是当时具有最高知识的“知识分子”，除了他们，又有谁具有成为近代科学先驱的可能性呢？这真是不折不扣的“舍我其谁”了。当然，我们今天完全可以自由设想近代科学诞生的各种不同途径，但是这种思想操作并没有实际意义。历史就是历史，历史只有一次演出的机会。历史既然已经这样发生了，它就只能这样发生。
时间无法倒流，历史也不可能回过头来，改变原来的轨迹，重新登台亮相。 《科学的灵魂》的翻译有不少瑕疵。我手头没有英文原版书，无法就译文本身作出判断。不过，即便概略地浏览了一下，我也发现诸多术语和名词或译得不准确，或根本就译错了。例如，把赫胥黎的“世俗的布道”译为“平信徒的讲道”，把牛顿的《原理》译为《基本物理》，把伽利略在《对话》中虚构的人物“辛普利丘” （Simplicio）译为“单纯”，把“还原论”译为“简化主义”，把“实在”译为“现实”，把“格式塔”（完形）译为“整体世界观”，把“实在论”译为“求真论”，把“集合论”译为“集合定理”等。
译者似乎也不清楚“相对性”、“相对论”、“相对主义”的区别，在书中多处混译，使不明底细的人不知所云。此外，译本中对人名的翻译也不规范。其实，这些细节只要多查阅工具书，或者向内行打原听一下，问题并不难解决。
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