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如何用primer5设计rtpcr引物

02月25日 编辑 39baobao.com

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首先打开软件 左上角来操作 file——new——dna sequence 这一项可以把你复制的序列粘贴进去 当然,你也可以选择另一个 file——open——dna sequence 去open一个新的文件。在接下来的界面里 复制你的序列,于是就将序列导入了点击search 进入下图界面开始设计引物 在此图中有6个部分,红色数字标示 1区,包括三部分,可以选择设计pcr引物,测序引物和杂交探针 2区,搜寻模式,包括正链,反链等,我们一般选最后一项pairs,出来一组引物 3区,引物的范围,上游引物所在范围,下游引物所在范围 4区,pcr 长度,根据需要设置 5区,引物长度,这个是调整的重点,前面是长度,后面是± 6区,选择模式,一般选auto,也可以手动下面是一个设计 我选择了 正链位于1-400内 负链位于500-910内 产物长度100-600 引物长度为20±1bp 输入后,出现下图界面 共有1000多条引物 点击ok

谁有半定量RTPCR的方法步骤谢了急用

1、原位PCR步骤 1)预处理:

(1)切片常规脱蜡;

(2)0.2mol/L HCl处理10min; (3)5μg/ml蛋白酶K消化组织37℃10min; (4)Nase消化组织37℃ 30min; (5)梯度酒精脱水,室温干燥。 2)原位扩增:

(1)切片滴加特异性序列引物30μLPCR扩增反应液,覆盖硅化盖玻片,石蜡油封边;

(2)PCR热循环:94℃,1min;55℃,1min;72℃,1.5min,共25~30个循环,72℃延伸10min; (3)氯仿洗去盖玻片,4%多聚甲醛后固定10min,梯度酒精脱水,干燥。

3) 原位杂交:

(1)加地高辛标记探针的杂交液,98℃变性10min,-20℃退火5min,42℃杂交过夜。

(2)杂交后用2*SSC洗涤10min,3次,1*SSC洗涤10min,3次;

(3)缓冲液洗涤10min,3次;

(4)加碱性磷酸酶标记的羊抗地高辛抗体复合物,37℃,2h; (5)缓冲液洗涤5min,3次;

(6)NBT、BCIP暗处显色,镜下控制,终止显色。

(7)常规脱水:透明、封固。

2、原位RT-PCR步骤 1)预处理:

(1)蛋白酶K(0.3mg/mL) 54℃消化20min,蒸馏水洗;

(2)95℃加热3min,灭活残存的蛋白酶。 2)原位扩增:

(1)在有RNA酶抑制剂存在的条件下,用随机六聚物进行逆转录反应;

(2)用热启动法进行PCR扩增。标本加热至75℃时加上反应液,覆以盖玻片,四周用指甲油密封。然后将温度升至95℃,2min。

再将热循环仪设定为95℃,45s,55℃,1min和75℃,45s,共26次循环;

(3)扩增结束后,在80℃烤15min~30min。 3)原位杂交:

(1)杂交前标本95℃加热3min; (2)加上杂交液,湿盒内50℃过夜;杂交液组成:25%硫酸葡聚糖,2*SSC,50%甲酰胺,0.33mg/ml变性的鲑鱼精子DNA, 每0.5mL杂交液内含生物素标记探针1ng。 (3)扩增的β-肌动蛋白和IL-6用DAKO检测试剂盒K600(链霉卵白素,生物素标记的碱性磷酸酶和硝基四氮唑蓝)检测。

阳性反应呈紫色。

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