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首先是T,A连接，就是现在通常使用的T载体，一般的PCR产物都在两端加个A，这样T,A相配，T4连接酶可以把他们连在一起.

第二，粘性酶切位点连接，把载体和外源基因用相同的酶进行酶切（双酶切，或者单酶切都可以）回收相应的片段，用酶切出来的粘性末端进行配对，T4连接酶进行连接.

第三，平末端连接，也是用酶切，平末端也可以用T4连接酶连接，不过连接效率低的很.

第四，同源重组，用一个含有目的基因的载体A和另外一个载体B共转染（转化）宿主，可以通过同源重组产生包含目的基因的B载体.多用在病毒载体和重组病毒的构建上.

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