在现代医学的结构与体系中，把临床医学归入应用医学范畴，这是因为临床医学需要在基础医学所取得的知识基础上诊治病人，二者的关系与基础科学（如数、理、化、天、地、生等学科）和应用科学（如各种工程技术）的关系有类似之处。然而还应看到，基础医学与临床医学的关系又有相当重要的不同之处。 不仅基础医学的研究目的是为了认识人体的生命活动（主要是健康人的，也包括患病者的生命活动，下同）的奥秘，发现其中的规律，临床医学同样也担负着重要的认识生命活动的任务。

同一般的应用科学相比，可以看到临床医学的活动并不局限于对已知理论的应用上，它的研究对象的未知因素相当多。 医学的研究对象是自然界最高级的生物——人，而人的生命活动要受到各种自然因素和社会因素的综合作用，其复杂性大大超过其他自然科学。尽管医学活动几乎和人类的文明史同时开始，近代医学也与近代自然科学一道起步，但由于研究对象的难度大，至今生命科学的未知领域也要比其他自然科学大得多。

对于疾病的认识也是一样，现在仍在陆续发现新的未知的疾病；即使对于已知的疾病，许多方面的认识也还有待于深化。然而，病总是要治的，病人要来求医，不管医生是否“认识了”他的病。临床医学当然不能等待基础医学把未知因素全部弄清后再去治病，只能努力减少这些未知因素的影响，设法达到治病救人的目的。 这就是说，即使基础理论尚不清楚，也要试探或凭经验去解决实践中存在的问题，这种实践我们不妨称之为“摸索实践”。

在这种实践中发展起来的临床医学在其历史上和认识上都早于基础医学，这是它同许多应用科学显著的区别之一。 问题是科学研究的起点。医学中等待人们探索的问题，是由谁发现的呢？基础医学的发展固然有它自身的连续性，但是归根结底，医学中重大的问题往往首先是由临床医学提出来的，因为临床医学在其“摸索实践”的过程中，最能痛切地感受到基础理论的不足之处。

回顾医学史我们可以看到，一切疾病都要靠临床医学（而不是基础医学）来发现，一切疾病在活体上的表现及其变化规律即“临床相”（clinicalmanifestation），也是靠临床医学来确认的——即使在基础医学已有相当规模的今天也不例外。如本世纪六十年代对新几内亚的库鲁病（Kurn，新几内亚震颤）的发现，七十年代在美国对军团病（Legionellosis，嗜肺性军团病杆菌感染）的发现，八十年代对获得性免疫缺陷综合征（acquiredimmunedeficiencysyndrome,AIDS）的发现等等，都是如此。

在临床上首先发现了这些新的疾患，确定了它们是未知的特殊的病种，再由预防医学深入研究其本质。而人们对疾病的临床表现（临床相）的认识，也总是先行于对疾病的病因、发病机制等基础医学的认识。事实上，临床工作中已经发现了的许多疾病表现的规律，目前还未得到基础医学的解释，例如红斑狼疮患者女性多于男性；食管癌患者总数男性多于女性，但是在食道的第一个生理缩狭段发生癌变者中，女性多于男性。

伤寒与斑疹伤寒都可出现皮疹，但伤寒患者的皮疹多见于胸腹部，而斑疹伤寒急者则背部及四肢也常有皮疹出现。这些差别的发生机理至今仍不清楚，医学对这类临床上无法用已有的知识解释的现象进行深究，往往能导致理论上新的发现。将来由于科学技术的进步，人类将会接触到许多新的物质，或新的社会生活条件（如电磁波、人工合成物质、人工气候、优越的生活方式，紧张的生活节奏等等），这些因素可能对人的健康产生什么影响尚难以预料，因此，临床医学发现新疾病的功能应当加强。

由此可见，临床医学的性质既属于应用科学，又不是单纯的应用科学，它在疾病的科学发现中起着重要的作用。这样，从事临床工作的医生就不应把自己的工作视为简单的重复性劳动，而应看到自己所肩负的科学发现的责任，应该使自己在应用已知理论治病救人的同时，不放过一切科学发现的机会，做探索未知世界的先锋。