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日本在动植物分野上，其实是和中国大陆一致的，所以真正“独有”的种属动植物不多，在动植物分类学上大量带有日本字样的拉丁文学名生物，并不是日本原产的，往往是从中国引种或标准种产于中国。

日本独有的动植物举几个有名的例子：

动物：

1、琉球兔

学名：Pentalagus furnessi，又名奄美短耳兔，是一种只分布奄美大岛及德之岛的原始兔。它们是亚洲大陆古代兔的遗族，故被称为活化石。

2、日本大鲵

学名：Andrias japonicus，俗名大山椒鱼，是大鲵属的两个种之一（另一个是中国大鲵），主要集中分布于日本本州岛南部，四国和九州亦有发现，主要栖息在海拔300至700米的山间溪流中，目前是日本国宝及一级保护动物。

日本大鲵平均身长约40至70厘米，大的可达1.5米，体形扁长，四肢很短，前肢4指，后肢5趾，趾间有蹼，有一短而侧扁的尾巴。特点是背部有黑色斑点，头部疣突单个出现，成年大鲵双眼退化至身体两侧肉质皮褶内而不易看出

3、日本髭羚

学名：Capricornis crispus，又名日本鬣羚，为羊亚科斑羚属的动物，生活在日本本州的密集林地。

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植物：

1、乙女百合

是日本特有的一种百合科百合属植物，有姬早百合、姬小百合、微红百合、春百合、会津百合等别称。乙女百合属于日本原生植物，主要分布于宫城县南部、新潟县、福岛县、山形县与及县界的饭丰山连峰、吾妻山、守门岳附近，是一种稀有的物种。

2、日本红枫

学名：Acer palmatum atropurpureum，是产自日本的红色系鸡爪槭的通称，它的主要品种有红叶鸡爪槭、紫叶鸡爪槭和血红鸡爪槭。

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