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这个问题复杂咯

第一，你的问题有歧义，我可以理解成你本人对开发软件的分析、设计、编程实施不熟悉，我也可以理解成，项目管理软件的内容（也就是你这家客户软件公司的业务逻辑）包括分析、设计、编程实施。这是两个层次的问题

第二，按第一种理解来回答，那么实际上项目管理软件的分析、设计、编程实施和其他软件项目的分析、设计、编程实施没什么本质的区别，只是客户业务不同。一般软件的分析、设计包括：需求分析、概要设计、详细设计，这里每一项内容详细的写的话，都可以写一本书了。建议你查查相关资料，文章很多。

第三，按第二种理解来回答，首先，你自己要熟悉项目管理，否则根本无从谈起帮人家分析、设计项目管理软件。目前流行的项目管理理论主要有PMI推崇的PMBOK，也有以成熟度理论为基础的CMMI系列，等等。采用哪种理论为基础来开发软件，这要结合你的客户，那家软件公司的具体情况来看。

我公司刚好是家软件公司，而且我们有自己的项目管理软件。我把这个软件的大的功能模块列在下面你来看看吧，可能会有用。这套软件是我公司自己开发的，以CMMI体系为理论基础。

项目参数管理

需求管理

任务管理

测试管理

缺陷管理

QA管理

配置库管理

变更管理

风险管理

问题管理

成本管理

日志管理

资源平衡管理

报表管理

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