出云战记2故事情节延续前作，从前作中，男主角塔马ヒカル成为统治黄泉国之神20年后开始，以前作的出云学园为舞台，巡回于现代世界跟黄泉国展开。本作有两个男主角，一个是无亲无故的标准好命型八岐猛（やぎ たける），另一个是八岐猛的好朋友，注定要在第一男主角的光辉下挣扎型的大斗刚（やまと たけし），作品将分别以两人的视点展开。两位男主角都从属学园剑道部，被一群可爱的MM——青梅竹马的朋友白鸟姐妹等人围绕着，过着无忧无虑的生活。

变故发生在那一天，因八岐猛被选为代表剑道部参加全国大赛，两位好友发生了摩擦。八岐猛想把选手权让给实力比他强的大斗刚，却不知因此伤了大斗刚的心。就在一片尴尬的气氛里，地震突然发生了。回过神时，八岐猛发现前所未有的大地震将学园化为一片废墟，老师跟同学们的身影消失了，取而代之的是到处徘徊的异形怪物们。

总算跟其他人合流，也打倒了袭击女主角跟大斗刚的怪物，但两人却一下消失在瞬间闪现的强光中。追出学园，只见熟悉的山麓小城已不见踪影，好不容易找到有人烟之处，却见他们个个身着古装剧里般的服装。就这样，主角们被卷入了联系着两个世界命运的大动乱中。他们能否回到原本平稳的生活中，而消失了的刚与琴乃的命运又是如何呢？