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养殖水域生态学主要是研究养殖水域内生物与其环境之间相互关系的科学，目的是在人与自然和谐的前提上取得养殖效益最大化。

养殖水域生态学作为生态学的分支学科之一，主要是研究养殖水域内的生态系统类型，结构与功能，能量流动与物质循环、天然生产力和环境保护等内容。研究对象包括水域内个体、种群、群落和生态系统。 通过对养殖水域内生态系统的结构和功能的研究，阐明其能量流动和物质循环的特点及生态系统演替和平衡规律，为合理利用养殖水域内生物资源、挖掘生物生产潜力，构造养殖水域内生态系统平衡等方面提供科学依据。

养殖水域生态学的最终目的之一是优化水产养殖效益；目的之二是维持水生生态自然平衡，便于可持续发展。

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