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在当前环境污染日益严重的情况下，环境微生物学主要深入研究并阐明微生物，污染物与环境三者间的相互关系与作用规律，为保护环境，造福人类服务。

1.由于微生物个体微小，有很大的细胞比表面积，微生物生理生化功能多样，代谢能力强，易适应新环境，遗传功能易于改造，繁殖速度快，能彻底净化环境污染物，不会造成二次污染，处理污染物时只需在常温，常压下进行，不需特殊的设备，在处理污染物过程中还会产生许多有用的产物，所以利用有关的混合微生物群体净化环境污染物有重要的实际和经济意义。生物工程技术不断发展，基因工程技术的广泛使用，使构建新的具有降解多种污染物的微生物菌株成为可能，为更有效地净化日趋严重的环境污染带来了新的希望。

2.许多环境污染物或微生物转化某些污染物产生的一些中间产物对人体和生态平衡危害极大，有些污染物或它们的代谢中间产物甚至可以导致人体细胞癌变，所以开展污染生态中微生物降解污染物的途径、降解程度和降解速率的研究，可以给环境医学和环境保护的对策提供理论依据。

3.自然界有许多微生物是人、动物和植物的病原菌，有些微生物在自然界生长和代谢过程中，产生一些毒物或改变局部的自然条件，结果不利于其它生物的生长和生存，象这样的微生物我们应当设法控制它们的生长和扩散。

4.由于科学技术的发展，人们生活和工作的需要，排放到自然环境中的人工合成化合物越来越多，这些化合物在自然界停留的时间应引起我们高度重视。在许多发达国家，每一种人工合成化合物排放到自然界之前，都应经过微生物可降解试验的研究，以便判断该化合物将对环境产生的影响。

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