虽然培根是科学的指路人，但是他自己却不是一位科学家，也跟不上他的同时代人所取得的进展的步伐。他忽略了纳皮尔（新近发明了对数）和开普勒，甚至还有他的英国同伴威廉·哈维。培根正确地指出热是一种运动形式──一个重要的科学学说，但是在天文学上他却拒绝接受哥白尼的学说。 培根不仅瞧不起演绎推理，也轻视数学，大概以为数学的实验性差。演绎在科学中起的作用，比培根想的要大。当一个假说必须验证时，从这假说到某个能由观察来验证的结论，往往有一段漫长的演绎程序。这种演绎通常是数理推演，所以在这点上培根低估了数学在科学研究中的重要性。 在哲学方面，培根的“假相说”渗透了培根哲学的经验主义倾象，未能对理智的本性与唯心主义的虚妄加以严格区别。受时代的局限，他的世界观还具有朴素唯物论和形而上学的特点。