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人体免疫系统就好比是一支军队，由许多部门组成，并且受不同的指挥中心控制。它需要一个充满智慧的指挥员，不仅能够准确地识别和打击敌人，而且还需要防止来自内部的“误伤”。
正常人体的免疫系统是依靠B淋巴细胞和T淋巴细胞来发现外来的各种侵入，并且产生抗体来对抗它们。当B淋巴细胞遭遇一些诸如细菌、病毒等外来物，它们就会变成浆细胞并产生大量抗体，特异性地与这些外来抗原结合，使之失去活性。T淋巴细胞也参与此过程中。TH -1细胞具有提高免疫系统对感染或损伤的反应功能。而TH -2主要是通过释放生长因子促进抗体的产生。当这些T淋巴细胞过度活跃时，就会产生过度的反应，并且丧失对自身细胞的识别，造成对自身细胞的破坏。
过敏与这种高应答反应有关。当体内有过敏原存在时，过敏患者的免疫系统出于防卫，就会产生大量的免疫球蛋白E(IgE)。对不同的过敏原（乳胶、宠物的毛发皮屑、橡树花粉等），机体都会有针对性地生成一种IgE。IgE分子能特异地与这些过敏原结合。
这些过敏原特异的IgE分子通过血液流动与存在于机体大部分组织的肥大细胞表面受体结合，合成和释放组胺，使机体产生结膜水肿、喷嚏、风团及荨麻疹等症状。过敏原特异性IgE附着在肥大细胞表面后，可存在数星期至数月，并且可结合其他的过敏原。因此，当过敏原再次进入体内后，变异性连锁反应又会发生，肥大细胞释放组胺。而这种反应可在接触过敏原后数分钟至1小时内发生。
过敏具有遗传性，大部分遗传至母亲。现已知至少有三个基因与过敏有关，但目前能定位的只有一个。这个基因主要是可调控白介素-4(IL -4)的产生，由于IL -4是形成IgE所必需的，因此，IL -4的过量产生可导致IgE的大量生成，机体容易过敏。
机体的免疫系统有时会把无害的物质当作有害的寄生虫而发起防御反应。IgE对寄生虫感染的反应是非常迅速的。嗜酸性细胞（一种杀寄生虫的细胞）与IgE结合后协同发挥作用。寄生虫感染后儿童最典型的表现是结膜水肿和鼻痒，这是由于免疫系统在消灭寄生虫时释放大量的组胺所造成。
非白种人的IgE水平高于白种人；男性IgE高于女性；IgE水平随年龄而下降，因此部分人在成人后不易发生过敏。
按一般规律，遗传了皮肤疾患（如湿疹，虽然这种皮肤病并非一定是过敏引起）者对吸人物或摄人物容易产生IgE，而这些物质对无遗传因素者可能无影响。虽然，IgE介导的食物过敏会导致婴幼儿不典型皮炎，但在大龄儿童和成人间不会发生。
有很多过敏发生在接触存在于乳胶中的可溶性蛋白质（如橡皮手套、牙科用的橡皮障、避孕套、呼吸机管道、导管及灌肠管所携带乳胶套）。这特别多见于医生、患者、有脊柱分叉或生殖系统缺陷的儿童。
过敏综合征主要有两种：环境过敏是由吸人物或化学物质引起；食物过敏是机体对某种食物中的蛋白过敏所产生的。
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