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2006年12月28日，国家税务总局发布了《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》 （国税发[2006]187号，以下简称187号文），要求从2007年2月1日起，对房地产企业土地增值税项目进行全面清算。土地增值税作为当前国家宏观调控房地产市场的税收工具之一，对调节房地产开发企业增值收益、抑制投资冲动有重要作用。土地增值税调整过程复杂，特别是关于收入和扣除项目的确认，容易产生混淆。考试大编辑
一、“一房一价”，计税收入确定难
应征收土地增值税的房地产开发产品分为二类，一类是非直接销售的开发产品，如用于职工福利、奖励、对外投资等，应在发生所有权转移时视同销售，根据 187号文的规定确认收入，即按照“同一地区、同一年度、同类产品”的“平均价格”或者“市场价格”确认。但当前房地产销售多采取“一房一价”方式，即对房地产开发产品根据其楼位、层次和户型的不同，给予不同销售价格。这种销售方式的普遍存在，使计税收入的确定具有明显的不确定性和滞后性。
另一类是直接销售的开发产品，在检查中问题较多，突出表现为：开发商因促销、照顾关系户等原因，给予购房人价格优惠，双方按实际结算价签订售房合同并开具发票。对这类优惠处理，一种意见认为，企业对开发产品有定价权，价格优惠属于商业折扣不应调整纳税；另一种意见则认为，企业给予购房人的价格优惠应该有合理范围控制，否则，土地增值税的税基将被严重侵蚀。商业折扣在税法上称为“折扣销售”，流转税和企业所得税对其均有明确规定，只有将价款与折扣额在同一张发票上注明的，才能以折扣后的价款为营业额；如果将折扣额另开发票，不论在财务上如何处理，均不得从营业额中减除。考试大编辑但土地增值税对此没有明确规定，开发商不承认价格优惠属于“折扣销售”，而以“一房一价”、企业正常销售为由解释。另外《土地增值税暂行条例》第九条规定，对“隐瞒、虚报房地产成交价格的”可以按照评估价格计算征收，但细则的解释比较原则，“价格明显偏低”的标准是多少？ “正当理由”的范围包括哪些？现行土地增值税政策均没有明确规定。
二、虚开发票，调查取证难
在包工不包料施工方式下，部分开发商存在虚开发票、接受他人虚开发票和假发票等违法行为。其共同特点是：舍近求远，去外省市购买沙石、水泥等建材；绝大多数采取现金交易；发票金额较大且手工开具；销货方大多属于非正规企业或个体经营者。有些企业为防止税务机关发现假发票不准予成本列支，还借用他人名义“主动”到税务机关代开发票，企图掩盖虚假购销业务。根据税务机关代开普通发票的规定，申请代开发票人只需提供合法身份证件和付款方（或接受劳务服务方）对所购物品品名（或劳务服务项目）、单价、金额等出具的书面确认证明即可，税务机关对该项经济业务是否发生根本无法确定，对其中属恶意虚开或善意取得的假发票，也无法辨别。考试大编辑如果税务机关一律按照187号文第四条第一款“不能提供合法有效凭证的，不予扣除”处理，对企业显然不公，也违背了合理性原则。但如果准予企业计入开发成本，无疑助长了购销双方偷逃税的主观倾向，增加税收的系统风险。
三、虚构工程项目和工作量，成本核实难
房地产企业的开发成本是土地增值税清算的核心，也是最难查实的关键环节。问题突出表现为：一是开发商移花接木。为了把不好人账的“灰色支出”（如公关费、招待费等）做实，采取虚构工程项目 （大多为零星工程和配套设施），编造虚假工程合同和决算书，到税务机关套开建筑发票的方法予以转入。二是开发商和施工方相互勾结，采取虚假招投标或签订补充合同等方式虚构工程项目、虚增业务量增加开发成本。由于税务检查人员对工程施工图纸、工程概算等知识匮乏，房地产项目零星工程、辅助和配套设施工程众多，加之部分开发商与施工方属关联企业，使检查人员调查取证具有较大难度。例如某开发商虚构地下管网的辅助工程10万元，在地下隐蔽工程无法开挖检查且企业施工合同、建筑发票、工程决算书均完备情况下，税务人员很难分辨出该项工程项目的真假。
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