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病因21三体综合征目前认为本病是多因素疾病，属遗传因素和子宫内环境因素相互作用的结果。

（一）遗传因素已有许多证据表明遗传因素的影响。患先心病的母亲和父亲其子女的先心病患病率分别为3%~16%和1%~3%远高于人群的患病率。有些先心病有显著的男女性别间发病差异。 先心病中5%伴有染色体异常，3%伴有单基因突变。许多遗传性疾病伴有先心病，如染色体异常病中21三体综合征（先天愚型、Down综合征等）、18三体综合征（Edward综合征等）、13三体综合征（Patau综合征等）等三体畸形病伴有先心病者分别占40%~45%、50%~100%和80%~90%;5染色体短臂缺失的猫叫综合征和性染色体异常的XO综合征（Turner综合征）分别有20%和35%伴先心病。 单基因突变中常染色体显性遗传病的Holt-Oram综合征、Noonan综合征、Leop-ard综合征伴有先心者分别占100%、50%和50%；常染色体隐性遗传病的Ellis-VanCreveld综合征和X连锁遗传病的Gorlin-Goltz综合征分别有50%和10%伴先心病。

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