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1、指令性课题 各级政府主管部门考虑全局或本地区医药卫生事业中迫切需要解决的问题，指定有关单位或个人必须在某一时段完成某一针对性很强的科研任务。这类课题具有行政命 令性质，因此称为指令性医学科研课题设计项目。这类课题的经费额度较大，但获得指令性项目，必须具有雄厚的研究实力。如血吸虫病防治课题，计划生育课题等都属此类课题。
2、指导性课题 指导性课题又称招标性课题。国家有关部门根据医药卫生科学发展的需要，制定若干科研项目，引入竞争机制，采取公开招标方式落实计划。在招标中，实行自由申报，同行专家评议，择优资助。尽管对指导性课题申请者的职称要求副高以上，但只要有两名同行专家推荐，副高以下职称者也可能获得中标资格。指导性医学科研课题设计主要有以下渠道。
（1）国家自然科学基金 国家科技部每年度颁发招标《项目指南》。有关医药卫生科学的主要类别如下：①面上项目：这类项目面广、量大，占所有资助的大部分。内容包括自由申请项目、青年科学基金项目、高技术项目与新概念、新构思探索项目。青年科学基金项目鼓励35岁以下且具有较高学位或科研能力较强的年青人申报医学科研课题设计。
②重点项目：即指处于学科前沿并可能出现突破，具有重要意义的项目，此项目资助强度较大。③重大项目：即指理论与应用意义重大，目标明确，基础坚实，可望在近期取得重大成果的项目。④新医药基础性研究基金：用以资助新医药前期的关键基础性研究和实验。
（2）政府管理部门科研基金 国家、省市及地市科技、教育、卫生行政部门设置医药科学专用研究基金。
主要资助应用性医学科研课题设计，重点放在常见病、多发病、地方病和职业病的防治研究。
（3）单位科研基金 随着医疗卫生事业的发展，各单位的市场意识和科研意识增强，均拨出一些经费用于科技开发。资助对象向年青人倾斜，重点资助起步性医学科研课题设计，为下一步申请国家及与省级课题奠定基础。
3、委托课题 委托课题来自于各级主管部门、大型厂矿企业和公司，委托单位的目的是看中受托单位的技术力量和设备优势，研制某项新产品、新技术和新方法，或测试分析某些产品的成份。
某些跨国公司利用我国的资源，加大了在我国医学药学的研究投入，资助的力度较大。
4、自选课题 临床医学工作者，可以按照个人的专长与经验，在自己岗位上根据本人或单位的需要与可能，自由地选择研究课题。在基层单位，自选课题大有潜力可挖。例如试用一个新药治疗某病，就可有意识地比较新药与原有同类药物疗效和副作用的差异，也可研究该药与其它西药或中药联合用药的效应，还可研究该药疗效与不同性别、年龄段、病情、疗程的关系…… 总之，只要开动脑筋，临床医学工作中的医学科研课题设计是大有选择空间的。
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