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为了更清晰地解释生死轮回现象，大乘瑜伽行派的法相唯识学依据一类大乘经，对心识作了更加深入的分析，在眼、耳、鼻、舌、身、意六识底层，又分析出两层或三层潜在心识。 第七末那（Manas）识，意译“意”，其义为“思量”，“思谓思虑，量谓量度”（《唯识述记》卷一），其思虑量度有两方面含义：一是“恒审思量”，其思量的功用无时不在发挥，为第六意识生起之本，亦名“意根”（意识之根）；二是思量的对象主要是内自我，思量内心深处有一恒常不变的自我，产生深层自我意识，这种思量念念相续，无有停息之时，贯穿于一切表层意识活动中。
这种在意识层下对内自我的思量，产生我痴（不知无实自我）、我见（执着有实自我）、我慢（自我骄慢）、我爱（对自己身命的本能性贪爱）四种烦恼。末那识的思量内自我，既然生前念念相续无有间断，那么死后也应惯性延续，于脑内、婴孩乃至转生为畜类时，犹相续不断，为维系众生生命的本源动力。这种对内自我的思量，贯彻轮回过程的始终，如果一定要找到一个轮回主体的话，末那识对内自我的恒审思量，可以假名为轮回主体。
然而，这种思量，既然有一个所思量的对象内自我，便已堕入二元对立中，属因缘所生法，称不起真常自在的真我，在佛学看来。只不过是一种恒常相续的妄执，是“无量劫来生死本”。 第八阿赖耶（Araya）识，意译“藏识”（仓库意识），又称“本识”、“种子识”、“一切种”、“阿陀那”、“心”等。它深潜于末那识层下，其见分，即是末那识所恒审思量的内自我。
此识名“藏”，谓其功能以储藏为主，《成唯识论》卷二解释识藏有能藏、所藏、执藏三义。能藏，谓此识具有能储藏的功用；所藏，谓此识所收藏储存者，为前七识活动所生的“种子”；执藏，谓此识有执持所藏种子令不消失、错乱的作用。从唯识学说的论述看，阿赖耶识可看做一意识层下的心灵电脑，具有储存信息，按自然的因果律等法则处理信息的功用，实为心识之本，被称为“心体”、“心王”、“本心”、比喻说，藏识犹如大海，前七识就像海面上兴起的波浪，《楞伽经》偈云：“藏识海常住，境界风所动，种种诸识浪，腾跃而转生。
” 按唯识学论述，众生的生命活动，是一个阿赖耶识所藏种子与前六识现行的心理活动“种现互生”的立体延续过程，第七识则在前六识与第八识之间起着不间断的联络作用。每一心理活动及所作善恶等业，除了在横向联系和纵向的时间关系上产生相应果报外，还在自心深层留下“种子”。种子，系以植物的种子，比喻内心深处能产生心理活动的因种、潜在势能，《成唯识论》卷二说种子“谓本识中亲生自果功能差别”。
种子亦称“习气”，即行为所形成的习惯，如世间所言“流氓习气”、“军阀习气”等，喻如装酒的瓶子，虽然酒已喝光，瓶子还留有酒的余味。习气分名言（遍计所执）、我执、有支（三界异熟业种）三种。种子分本有（无始以来本自具有）、新熏（现在的业熏习而成）两类，又分有漏、无漏两类。每一现行心理活动的生起，必以阿赖耶识中所藏的种子为因，这叫“种子生现行”，种子生现行，当然得诸缘具足，就像植物种子只有在具备适宜的温度、湿度时才能发芽。
现行的心理活动及业，又不断留下新的种子（新熏种子），储藏于阿赖耶仓库中，这叫“现行生种子”。种子生现行、现行生种子，叫做“种、现互生”。种子虽然也是念念生灭，但“前后自类相生”，不断地生起同类种子，这叫“种子生种子”。种子生现行、现行生种子、种子生种子，相续不断，工作繁忙，由新熏种子的不断成熟，给生命园地中不断增添着新的景观。
打个简单的比方说，如有人看到香烟，产生抽的欲望（有人不会有），说明他心识仓库中有某种与抽烟有关的种子为因；他抽烟时对烟味产生贪爱，则会在他心识中形成喜好抽烟的新熏种子，促使他在下一次见到香烟时情不自禁地要抽，乃至见不到香烟时也想抽，不抽就不舒服，形成烟瘾。就生命现象来说，一般人长到十多岁，情窦初开，对异性发生兴趣，这说明他（她）心识中一定有前世爱异性的惯习所形成的异熟种子；这种子遇到合适的人缘，便促使他（她）求偶、恋爱、结婚、生育子女。
今生从**中获得幸福，深生贪着，又在阿赖耶识中埋藏下新的**种子，必然会出生死后再生于欲界，再求偶、恋爱的异熟果。众生的种类，及各自的愚智、性情、爱好等的先天差别，都可解释为阿赖耶识中所藏种子的不同。《唯识三十论》颂说：“由诸业习气，二取习气俱，前异熟既尽，复生余异熟。”因有漏善恶业及其根本我法二执的习气种子潜藏于阿赖耶识中，形成必然出生异熟果的因种，使众生死此生彼，轮回不休。
在无休无止的生死轮回中，阿赖耶识储藏种子、生起七识现行及异熟果的功能贯彻始终，如《密严经》偈所说：“藏识持于世，犹如线贯珠”，比喻阿赖耶识贯通轮回全程的作用，颇为形像。传为玄奘授的《八识规矩颂》说阿赖耶识“去后来先作主公”，是死时最后离身、生时最先投胎的轮回主人公（主体），这应指末那识执为内自我的阿赖职识见分而言。
前六识有时间断，记忆今生多失，隔世...
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