天皇和幕府的关系是名义上的君臣关系，幕府将军接受天皇的册封，做着类似于三国里的曹操的事，挟天子以令诸侯。在镰仓和这之后的几个武家时代里，实际上控制着日本经济，军事，政治的是武士集团。天皇只不过是名义上的统治者。所以总的来说，前者是虚的皇，后者却是真的王。幕府流放天皇也就和董卓立汉献帝一样，哪个对自己的统治有利，哪个能维护自己的权势，就立哪个，只不过是自己的傀儡，当然是好控制点，听话点的了，真的原因也就这吧，流放的天皇只不过是权利争夺的淘汰品，别说流放了，很多争斗的凶狠的时代甚至两个天皇并立（比如日本战国的开端，应仁之乱）。天皇不过是幕府的高级代言人这种状况直到明治天皇时代才改善的。