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首先确定增值额与扣除项目合计的比例，看其结果介于税率中哪一个层次，然后运用公式“土地增值税税额=增值额*税率-扣除项目金额*速算扣除数”进行计算。

举例如下：某房地产公司开发100栋花园别墅，其中80栋出售，10栋出租，10栋待售。每栋地价14.8万元，登记、过户手续费0.2万元，开发成本包括土地征用及拆迂补偿费、前期工程费、建筑安装工程费等合计50万元，贷款支付利息0.5万元（能提供银行证明）。

每栋售价180万元，营业税率5%，城建税税率5%，教育费附加征收率3%。问该公司应缴纳多少土地增值税？

计算过程如下：转让收入：180*80=14400（万元）

取得土地使用权所支付的金额与房地产开发成本合计：（14.8+0.2+50）*80=5200（万元）

房地产开发费用扣除：0.5*80+5200*5%=300（万元）

转让税金支出：14400*5%*(1+5%+3%)=777.6（万元）

加计扣除金额：5200*20%=1040（万元）

扣除项目合计：5200+300+777.6+1040=7317.6（万元）

增值额=14400-7317.6=7082.4（万元）

增值额与扣除项目金额比率=7082.4/7317.6*100%=96.79%应纳增值税税额=7082.4*40%-7317.6*5%=2467.08（万元）

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