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针对20世纪90年代初出让的土地，《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》(国务院55号令)规定了使用年期届满时的两种情形：使用者未申请续期或申请续期使用土地未获批准，国家无偿收回土地使用权，同时无偿收回地上建筑物及附着物所有权，使用者不再使用土地；使用者申请续期使用土地获得批准，签订土地出让合同，支付土地出让金后使用者继续使用土地。
出让土地到期后的第一种情形
依据国务院55号令规定和土地出让合同的约定，国家在无偿收回土地使用权的同时无偿收回地上建筑物及附着物所有权。出于对建筑物所有权的保护，1995年实施的《城市房地产管理法》并未规定无偿收回地上建筑物、附着物。国土资源部新修订的国有土地出让合同文本对申请续期未获批准的情形增加了“对于地上建筑物及其他附着物，出让人应当根据收回时地上建筑物、其他附着物的残余价值给予受让人相应补偿”的约定，但对于未申请续期的情形，新合同仍旧规定了对土地使用权和地上建筑物、附着物一并无偿收回。
依据适用法律原则，20世纪90年代初出让的土地当然应当执行国务院55号令有关土地使用年期届满的规定，即在无偿收回土地使用权的同时无偿收回地上建筑物、附着物。但是，出让土地特别是使用年限较短的出让土地到期时地上建筑物残余价值往往较大，如果将地上建筑物无偿收回，势必造成以下问题：
一是不能很好地保护地上建筑物产权人的合法财产所有权，无法体现刚修订的《宪法》中关于保护公民、法人合法财产的立法精神。地上建筑物的所有权实质变成了只具有一定使用年限的使用权。
二是使大量到期出让土地又重新回到原使用者手中。地上建筑物无偿收回必然造成土地使用者的财产损失，同时法律规定，除非社会公共利益需要，对申请续期使用土地应当批准。这势必促使很多本不想再申请续期的使用者通过申请续期重新获得土地使用权，然后再通过土地转让的方式来避免地上建筑物的财产损失。
这样，一方面必然影响当前的土地收购储备和土地的招拍挂出让，不利于加强对土地供应的宏观调控；另一方面，由于到期的出让土地大多处于城镇中心地带，土地增值较大，原使用者以协议出让方式获得土地，而后又按市场行情转让，会造成大量国有土地增值收益流向单位、个人手中。
出让土地到期后的第二种情形
对第二种情形，国务院55号令、《城市房地产管理法》以及国土资源部新修订的土地出让合同文本的规定都是一致的，即重新签订土地出让合同，支付土地出让金。20世纪90年代初各地进行土地出让时，土地使用者除支付土地出让金外，还支付土地补偿、拆迁费及其他有关税费。当时，土地出让金一般只占到使用者支付土地总费用的25％左右。如今大多地方都实行统一征地收购、储备、开发，而后统一出让的土地集中供应模式，土地使用者将所有费用即全部地价款以土地出让金的形式支付给国家。
2003年6月的国土资源部21号令规定，协议出让国有土地使用权时土地出让金不得低于按国家规定的低价，协议出让低价不得低于新增建设用地有偿使用费、征地拆迁补偿费用以及按国家规定应当缴纳的有关税费之和，有基准地价的不低于基准地价的70％。
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