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于1997年造成偶蹄动物感染之口蹄疫病毒也与肠道病毒一样同属于微小病毒科（picornaviridae），因此，当1998年台湾地区肠道病毒大流行时，便有舆论认为引起人类手足口病（hand - foot and mouth disease;HFMD）主要是由于对感染口蹄疫的病死猪做掩埋处理不当因而污染环境，导致病毒反扑所致。事实上，肠道病毒与口蹄疫病毒虽然属于同一病毒科但却是截然不同的两种病毒，故此二者的致病机制并无直接相关性。

但不可否认的，当年处理病死猪的方式的确对生态环境造成了相当大的冲击。 由于肠道病毒在病毒学上的分类是属于无外套膜（non-envelop）的病毒，因此它对于周遭环境的抵抗力很强，可以耐酸达pH 2，故不会被胃酸破坏，可以通过胃酸到达肠道繁殖，这也是它被命名为肠病毒的原因之一；肠道病毒对乙醇（ethanol）亦具耐受性（tolerance），故酒精对肠道病毒并无抑制作用；肠道病毒甚至可以对抗一般的清洁剂（detergent），故一般家庭用的洗手乳及肥皂对肠道病毒无杀菌效果；因肠道病毒可在下水道污水中存活3~5天之久，故在肠病毒大流行期间甚至可由下水道污水中分离出肠道病毒。

目前已知需浓度约1~3%之漂白水才能有效的消灭肠道病毒，因此在大流行期常用此浓度的漂白水对病患所接触过之物品及环境进行喷洒消毒 。

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