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预防接种不良反应是由疫苗本身固有的特性引起的，分为一般反应和异常反应。一般反应有局部红肿、疼痛、硬结等局部症状，或有发热、全身不适、倦怠、食欲不振、乏力等全身症状；一般反应的发生率相对较高，但病情轻微，一般不需就医，1至2天后即可恢复。异常反应是指合格的疫苗在实施规范接种过程中或接种后造成受种者机体组织器官、功能损害。
对某些受种者而言，在无疫苗质量问题和接种差错的情况下，异常反应仍有可能发生，虽然发生率极低，但病情相对较重，多需要临床处置。不同疫苗的异常反应表现差异较大，主要有无菌性脓肿、过敏反应（如过敏性休克、过敏性皮疹、过敏性紫癜、血小板减少性紫癜、血管性水肿）、神经系统反应（如热性惊厥、癫痫、多发性神经炎、脑炎、脑膜炎）、卡介苗引起的淋巴结炎、骨髓炎和全身播散性感染等。
另外，在预防接种过程中还可能出现偶合症。偶合症是指受种者正处于某种疾病的潜伏期，或者存在尚未发现的基础疾病，接种后巧合发病。虽然偶合症的发生与疫苗本身无关，但很容易与预防接种不良反应尤其是异常反应混淆，受种者或监护人常常认为是由疫苗或预防接种导致的。这种情况下，只有通过详细的调查和专家分析才能得出正确结论。
偶合症的类型很多，预防接种中最常见的偶合症是偶合急性传染病或其他内科疾病，例如麻疹强化免疫过程中出现的群体性不明原因发热，可能是偶合上呼吸道感染。最严重的偶合症为猝死，儿童在预防接种后突发死亡可能与儿童本身潜在的疾病有关而非疫苗所致。还有个别儿童因为自身存在原发免疫缺陷，在接种疫苗后发生所接种疫苗相关疾病。
例如脊髓灰质炎减活疫苗糖丸是用于预防小儿麻痹症的，但个别有原发免疫缺陷的儿童服用疫苗糖丸后，反而发生小儿麻痹症。这种情况发生几率很低，据1999年至2003年流行病学调查，我国儿童服用脊髓灰质炎减活疫苗后，相关疾病发生率为233万分之一。由于人们对预防接种异常反应相关知识缺乏了解，个别疑似异常反应的发生极易引发恐慌和对预防接种安全性的质疑异常反应是指与一般反应的发生性质和表现均不同的副反应。
如接种百白破疫苗出现无菌性化脓，接种乙脑疫苗后出现皮疹、面部局部水肿等。此外，过敏性休克、血管神经性水肿等均属于此类。
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