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计算机会计系统的内部控制制度有：
（一）日常控制
1、业务发生控制。是采用相应的控制程序，甄别、拒纳各种无效的、不合理的及不完整的经济业务。在经济业务发生是，通过计算机的控制程序，对业务发生的合理性、合法性和完整性进行检查和控制。
2、数据输入控制。 企业应该建立起一整套内部控制制度以便对输入的数据进行严格的控制，保证数据输入的准确性。数据输入控制首先要求输入的数据应经过必要的授权，并经有关的内部控制部门检查；其次，应采用各种技术手段对输入数据的准确性进行校验。
3、数据通讯控制。数据通讯控制是企业为了防止数据在传输过程中发生错误、丢失、泄密等事故的发生而采取的内部控制措施。 企业应该采用各种技术手段以保证数据在传输过程中的准确、安全、可靠。
4、数据处理控制。数据处理控制是指对计算机会计系统进行数据处理的有效性和可靠性进行的控制。
5、数据输出控制。数据输出控制是企业为了保证输出信息的准确、可靠而采取的各种控制措施。 输出数据控制一般应检查输出数据是否与输入数据相一致，输出数据是否完整，输出数据是否能满足使用部门的需要，数据的发送对象、份数应有明确的规定。
6、数据存储和检索控制。为了确保计算机会计系统产生的数据和信息被适当地储存，便于调用、更新和检索，企业应当对储存数据的各种磁盘或光盘作好必要的标号，以便业务人员或审计人员查询或跟踪检查。
（二）管理控制
1、组织机构设置。企业实现了会计电算化后，应对原有的组织机构进行适当的调整，以适应计算机会计系统的要求。组织机构的设置必须适合企业的实际规模，符合企业总体经营目标，并且，应按精简、合理的原则对组织机构的设置进行成本效益分析。
2、职责划分。内部控制的关键之点就在于不相容职务的分离，对每一项可能引起舞弊或欺诈的经济业务，都不能由一个人或一个部门经手到底，必须分别由几个人或几个部门承担。
3、档案管理。计算机会计系统有关的资料应及时存档，企业应建立起完善的档案制度，加强档案管理。
（三）系统开发、发展控制
1、授权和领导认可。计算机会计系统的开发和发展必需经过有关领导的认可和授权。计算机会计系统的发展和更新是对原有计算机会计系统进行重大改进，同样对会对企业管理体制造成较大的影响，同时对现有计算机会计系统的任何改动都可能危及整个系统的安全可靠，因此也必需得到授权和领导认可。
2、符合标准和规范。计算机会计系统的开发和发展项目，不论是自行组织开发还是购买商品化软件，都必需遵循国家有关机关和部门制订的标准和规范。其中包括符合标准和规范的开发和审批过程、合格的开发人员或软件制造商、系统的文件资料和流程图、系统各功能模块的设计等等。
3、系统转换。企业应在系统转换之际，采取有效的控制手段，作好各项转换的准备工作，如旧系统的结算、汇总，人员的重新配置、新系统需要的初始数据的安全导入等。新的计算机会计系统是否优于旧系统，还需要进一步接受实践的检验。因此企业在系统转换之际，采用新旧系统并行运行一段时间，以便检验新的计算机会计系统。
4、程序修改控制。企业经营活动变化及经营环境变化，可能导致使用中的软件进行修改，计算机会计系统经过一段时期的使用也会发现一些需要进行修改的地方。对会计软件进行修改必须经过周密计划和严格记录，修改过程的每一个环节都必须设置必要的控制，修改的原因和性质应有书面形式的报告，经批准后才能实施修改，计算机会计系统的操作人员不能参与软件的修改，所有与软件修改有关的记录都应该打印后存档。
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